（1）内分泌失调：
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。
其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。黄体功能不全者常伴有其他腺体功能异常，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、雄激素相对增多症及高泌乳素血症等，这些因素均不利于胚胎发育，与流产密切相关。
（2）免疫因素：
妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。
母胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等。其二是生殖免疫的问题，如果我们自身带某种抗体，就有可能影响胚胎的发育。
（3）子宫异常：
子宫里的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚胎有影响。内环境就是子宫内膜，如果太薄、太厚都会影响着床。
由于子宫缺陷引起的流产约占10%~15%，常见的有：
(a)先天性苗勒氏管的异常包括单角子宫、双子宫及双角子宫致宫腔狭小，血供受到限制。子宫动脉发育异常可导致蜕膜化不同步和种植异常。
(b)宫腔粘连，主要由宫腔创伤、感染或胎盘组织残留后引起宫腔粘连及纤维化。阻碍了正常蜕膜化和胎盘种植。
(c)子宫肌瘤及子宫内膜异位症引起血供减少导致缺血和静脉扩张，蜕膜化不同步，种植异常以及肌瘤造成的激素改变也会引起妊娠的失败。
(d)先天性或损伤性宫颈内口松弛以及胎内接受乙烯雌酚治疗致宫颈发育异常常致中期妊娠流产。
（4）染色体的问题：
如果染色体异常的话也会导致胚胎不发育而致早期流产。染色体异常包括数量和结构异常，数量上的异常可分为非整倍体和多倍体，最常见的异常核型为三倍体，而16三体又占1/3，常有致死性。21三体中有25~67%，13三体中有4一50%，18三体中有6~33%必然流产。
关于染色体问题目前的研究认为染色体间配对、互换和分离形成配子，配子结合形成合子。如果其中的合子有异常的，则导致不能正常发育，可导致流产、死胎、死产、畸形儿，故而，需做产前诊断，以防止染色体患儿出生。
（5）生殖道感染：
除以上各种因素外，感染所致孕早期流产愈来愈受到国内外学者的重视。妊娠早期严重的TDRCH感染可引起胚胎死亡或流产，较轻感染亦可引起胚胎畸形。研究表明巨细胞病毒可引起过期流产、胎死宫内等。
近年来许多研究表明支原体感染与胚胎停止发育有关，胚胎停止发育妇女宫颈分泌物支原体感染阳性率明显高于正常妇女，并有极显著差异。
（6）环境因素：
在发育初期，胚胎对治疗药物和环境因素的影响极为敏感，此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤、甚至丢失。许多药物和环境因素是引起早期胚胎死亡或胎儿畸形的重要因素。
各类化学药物如二澳氯丙烷、二硫化碳、麻醉气体、口服抗糖尿病药等可干扰、损害生殖功能，致胚胎流产、死胎、畸形、发育迟缓及功能障碍，以及不良生活习惯如吸烟、酗酒、咖啡、毒品、某些药物等均影响早期胚胎发育。
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