一小部分畸形精子症患者很难通过上述治疗降低精子畸形率和自然生育，可能需要试管婴儿技术。轻中度畸形精子症患者可以通过人工授精和第一代试管婴儿(IVF)获得生育，重度和极重度畸形精子症患者则需要采用第二代试管婴儿(ICSI)技术。
研究表明：精子畸形的严重程度并不影响第二代试管婴儿妊娠率。只要精子内部质量是好的，有些极重度的畸形精子症(精子畸形率高达100%)，通过第二代试管婴儿技术也可以获得较高的生育妊娠率。
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