1．胚胎染色体异常
造成胎儿染色体异常的常见原因有：一是环境中有致畸因素，包括放射线、病毒、药物等因素作用于精子、卵子或受精卵，导致胎儿染色体异常；
另一原因是胎儿父母一方或双方染色体异常，为染色体异常携带者，虽然从表面看无异常，但他们孕育的胚胎基本为染色体异常儿，导致胚胎发育障碍，造成流产。
2．母体因素
母体因素包括：内分泌异常，如黄体功能不全、多囊卵巢综合征、糖尿病、甲低、肥胖等；免疫异常；子宫器官异常；感染；不良生活习惯，如吸烟、酗酒、嗜咖啡等。
孕妇子宫器官异常：子宫肌瘤、子宫纵隔、子宫腔粘连、子宫颈内口松弛、子宫器官有炎症，这些均与自然流产有关。患有子宫肌瘤的女性自然流产的概率要比正常人高出3倍。
孕妇怀孕前或者怀孕期间感染了病毒、细菌、寄生虫或者霉菌，或者输卵管、子宫内膜发炎等，也容易导致流产。
孕妇内分泌异常：很多流产的发生都与孕妇的内分泌失调有关，比如雄性激素偏高、泌乳素偏高，会导致不孕和流产；黄体功能不足，使子宫内膜分泌不良也会导致流产。另外，甲状腺疾病、糖尿病也是引发流产的可能原因。
3．环境因素
如过多接触苯、甲醛、铅、离子辐射等。
4．免疫机能异常
很多原来被认为是“不明原因的流产”，现在发现与免疫因素密切相关，而且可能是导致反复流产的重要原因。目前为止，妇产科医生认为此类流产的原因难以找到客观证据，治疗方法不能统一，治疗效果各家报道不一，是比较棘手的问题，也是保胎反复失败的原因之一。
5．精子质量异常
男性长期在高温、辐射环境下，或酗酒、吸烟等，可以改变精子质量，致受精卵异常，导致流产。
若多次不明原因流产后，夫妻双方应一起到医院做如下检查，找出流产原因，及早进行对症治疗。
（1）进行全身性疾病检查：是否患有糖尿病、甲状腺病、慢性肾炎、高血压等。
（2）进行染色体检查：夫妇一方染色体异常往往说引起胚胎染色体异常的自发性流产的重要原因。
（3）进行妇科检查：查是否存在子宫畸形，比如双子宫、单角子宫、纵膈子宫、自宫腔粘连等，子宫是否长肌瘤。这些因素都会影响胚胎的着床，因而发生流产。
（4）进行卵巢功能的测定：如做阴道涂片检测体内雌激素水平，或测定基础体温。
（5）进行男性精液的常规检查：观察精子的数目和活力。
（6）进行血型检查：看夫妇双方的血型是否在ABO、RH系统内的血型不合。
流产原因一旦查明，则应针对性的进行治疗。若说夫妇双方染色体异常导致，则要避免怀孕，如果已经怀孕，应立即给胎儿检查，如有异常必须终止妊娠；黄体功能不全或患有全身性疾病的孕妇，应在医生指导下，做孕激素和所患疾病的治疗；子宫畸形的应先做矫正手术，然后再怀孕。
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