客观环境因素：孕期特别是孕早期身体因受各种有害物质的影响，被动吸收并分布到身体各个部位而引起胎停流产，如受X射线、微波、噪音、超声、高温等物理因素；还有重金属铝、铅、汞、锌及吸烟、酗酒、咖啡、毒品等不良生活习惯，服用某些化学药物等都有可能致流产、死胎、胎儿畸形、发育迟缓。
精子质量因素：食品安全、环境的污染及辐射都有可能损害到精子，当精子染色体有出现畸变或者精子核不成熟，会导致胚胎发育出现异常甚至停止发育。建议胎停育后首先排查男方原因，检查精子畸形率以及精子DNA碎片率。
母体内外生殖器的感染：TDRCH感染、细胞病毒会引起胚胎的畸形、死亡或流产。研究表明胚胎停止发育组女性宫颈分泌物支原体感染阳性率明显高于正常组，因些说明支原体感染与胚胎停止发育有关。
内分泌失调：母体自身分泌的激素不足，就会满足不了胚胎的需求，这样有可能造成胎停育和流产。最多见的就是黄体功能不良，出现子宫内膜发育迟缓和黄体期短，使受精卵的种植受到影响，或者早期胚胎停止发育而流产。还有甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、雄激素相对增多症及高泌乳素血症这些内分泌疾病都不利于胚胎发育。
子宫异常：子宫内膜太薄、太厚都会影响着床。子宫本身的缺陷如单角子宫、双子宫及双角子宫致宫腔狭小，血供受到限制。
(1)子宫动脉发育异常可导致蜕膜化不同步和种植异常。
(2)宫腔粘连，阻碍了正常蜕膜化和胎盘种植。
(3)子宫肌瘤及子宫内膜异位症引起血供减少导致缺血和静脉扩张，蜕膜化不同步，种植异常以及肌瘤造成的激素改变也会引起妊娠的失败。
(4)宫颈内口松弛以及胎内接受乙烯雌酚治疗致宫颈发育异常常致中期妊娠流产。
免疫因素：母体自身带有可能影响胚胎发育的抗体。研究最常见的一是抗精子抗体，会抵制精卵结合；二是抗子宫内膜抗体会抵制胚胎的发育；三是抗卵巢抗体，会影响卵子的质量；四是抗绒毛膜促性腺激素抗体，会抵制激素的分泌，有可能造成胚胎的停育。因母体不适应对胎儿排斥的常见自身免疫疾病有系统性红斑狼疮。
染色体问题：遗传、年龄、环境中有毒化学物质（放射线、高温）等是染色体发生异常的原因。染色体异常不管是分数量和结构出现的异常，均能导致胚胎不发育而致的早期的胎停流产。有家族遗传史的需要做产前诊断，对于染色体异常携带导致的流产、胎停育等当前西医并没有很有效的治疗方法，只能进行产前遗传学咨询和诊断，防止产出染色体异常的宝宝。
子宫体供血不足或血液异常的因素：负责子宫体血液供应的动静脉出现狭窄或者血流速度缓慢，D2聚体、血小板聚集升高都有可能影响胚胎的发育成长。
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