1.染色体异常
染色体数目和结构异常，尤其是性染色体异常，会严重影响睾丸生精功能，造成精子减少甚至无精子。精子密度低于1000万/毫升的患者，都应做染色体检查。另外，Y染色体上与生精有关的基因-无精子因子有微缺失时，也会导致患者出现严重少精子甚至无精子。
2.隐睾
由于睾丸没有下降到阴囊，长期导致睾丸温度升高，引起睾丸发育不全或萎缩，导致生精障碍，使精子生成减少。
3.精索静脉曲张
由于精索静脉内压力增高，血液回流受阻和滞留，影响了睾丸内的血液循环，导致血液内二氧化碳蓄积和缺氧，有害物质浓度升高，自由基含量增多，睾丸局部温度升高，干扰了新陈代谢和精子生成，导致精子大量减少甚至会消失。但精液质量与精索静脉曲张严重程度并不成正比，有时精索静脉曲张已经很严重了，但精液质量仍很好，仍能受孕;有时精索静脉曲张很轻，但精液质量却很差。
4.内分泌异常
垂体发生肿瘤、受到压迫、组织缺血性梗阻、感染、手术切除或放疗破坏等，均会出现严重的垂体功能不足而造成性县泻功能低下，使患者出现性欲和性交能力减低，睾丸萎缩，精子生成减少;泌乳素瘤可使血中泌乳素水平显著升高，使促性腺激素释放激素分泌减少，干扰了黄体生成素的分泌，进而使睾酮分泌减少，精子生成减少;糖尿病、肾上腺和甲状腺疾病可造成睾丸生精障碍而导致精子减少。
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